인간의 몸속에 가둬진 외계인 죄수의 탈옥을 막으려다 과거에 갇혀버린 이안은 우여곡절 끝에 시간의 문을 열 수 있는 신검을 되찾고, 썬더를 찾아 자신이 떠나온 미래로 돌아가려고 한다. 한편 이안을 위기의 순간마다 도와주는 무륵은 자신의 몸속에 느껴지는 이상한 존재에 혼란을 느낀다. 그런 무륵 속에 요괴가 있다고 의심하는 삼각산 두 신선 흑설과 청운, 소문 속 신검을 빼앗아 눈을 뜨려는 맹인 검객 능파, 신검을 차지하려는 자장까지 이안과 무륵을 쫓기 시작한다. 현재, 탈옥한 외계인 죄수 ‘설계자’가 폭발 시킨 외계물질 하바로 인해 수많은 사람들이 죽고, 우연히 외계인을 목격한 민개인은 이것이 시작에 불과함을 알게 된다.