천년에 한 번 혜성이 내리는 밤, 당신의 소원이 이루어진다! 소원을 들어주는 포켓몬 \'지라치\'가 천 년의 잠에서 깨어났다!! 포켓몬마스터가 되기 위해 여행하고 있는 지우와 피카츄 그리고 웅이는 호연지방에서 새로 만난 친구 봄이, 동생 정인이와 함께 이동식 놀이공원 「포켓몬파크」에 도착한다. 천년에 한번 나타나 7일 동안만 볼 수 있다는 \'천년혜성\'을 보기 위해 기다리던 지우와 친구들은 최고의 인기 마술사 \'버틀러\'의 마술쇼를 보게 되고, 그 곳에서 비밀이 숨겨진 \'신비한 돌\'을 만나게 된다. 그런데 신기하게도 정인이에게만 \'신비의 돌\'의 목소리가 들려오고...! \'천년혜성\'이 밤하늘에 나타나자 어마어마한 일이 벌어지기 시작하는데...!